De stamgroep is de groep waarin het kind leeft, werkt en leert. Kinderen van verschillende leeftijden, met verschillende vaardigheden, leren hierin met elkaar omgaan en verantwoordelijkheid voor zichzelf en elkaar te dragen. De verscheidenheid aan inbreng is typisch Jenaplan: een optimale stimulatie van het sociale leerproces door een heterogene groepssamenstelling. Het houdt in dat de kinderen wederzijdse hulp bieden en krijgen en respect ontwikkelen voor kinderen die op een ander cognitief- en sociaalemotioneel niveau functioneren dan zijzelf. 

De onderbouw bestaat uit twee verschillende leerjaren: groep 1 en 2. De midden- en bovenbouw bestaan uit twee leerjaren: de middenbouw uit groep 3, 4, en de bovenbouw uit groep 5 en 6, 7 en 8. Kinderen beginnen als jongste in een stamgroep en worden na verloop van tijd de oudste. Daarna gaan ze over naar een volgende stamgroep – en beginnen weer als jongste. Tijdens acht jaar basisonderwijs doorlopen de kinderen de onder- midden- en bovenbouw. Soms komen kinderen tijdens hun schoolloopbaan noodgedwongen in meer dan drie verschillende stamgroepen terecht, bijvoorbeeld bij het verkleinen van de school.

Iedere stamgroep heeft zijn eigen vaste leerkrachten en zijn eigen lokaal. De leerkracht blijft in principe meerdere jaren aan een stamgroep verbonden.

De kinderen worden binnen elke stamgroep verdeeld over tafelgroepjes, die een heterogene samenstelling hebben. Bij bepaalde lessen (bijv. rekenen / lezen) werken we met niveaugroepen. Dit betekent, dat kinderen met hetzelfde niveau (bijv. leerjaar 3) gezamenlijk reken- of leesinstructie krijgen.